Magyarországon megjelenő új szőlő vírusok azonosítása kis RNS-ek szekvenálásán alapuló metagenomikai módszerekkel

Szerzők

  • Czotter Nikoletta Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, H2100 Gödöllő, Szent-Györgyi A. u. 4. https://orcid.org/0000-0002-1524-664X (unauthenticated)
  • Molnár János Enzimológiai intézet, MTA Természettudományi Kutatóközpont, H-1117, Budapest, Magyar Tudósok körútja 2.
  • Deák Tamás Budapesti Corvinus Egyetem, Szőlészeti és Borászati Intézet, Szőlészeti tanszék, H-1118 Budapest, Villányi út 29-43. https://orcid.org/0000-0001-8172-3259 (unauthenticated)
  • Tusnády E. Gábor Enzimológiai intézet, MTA Természettudományi Kutatóközpont, H-1117, Budapest, Magyar Tudósok körútja 2.
  • Kocsis László Pannon Egyetem, Georgikon Kar, Kertészeti Tanszék, H-8360, Deák Ferenc utca 16.
  • Burgyán József Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, H2100 Gödöllő, Szent-Györgyi A. u. 4.
  • Várallyay Éva Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, H2100 Gödöllő, Szent-Györgyi A. u. 4. https://orcid.org/0000-0002-9085-942X (unauthenticated)

Kulcsszavak:

szőlő, vírus, diagnosztika, kis RNS újgenerációs szekvenálás

Absztrakt

A szőlőt több, mint 60 vírus és viroid képes megfertőzni, így az ültetvények egészségügyi állapotát alapvetően befolyásolja ezen kórokozókkal való fertőzöttségének mértéke. Munkánk során a főbb hazai borvidékeket képviselő termő ültetvényekben a növény védekező folyamatai során keletkező vírus specifikus kis RNS-ek újgenerációs szekvenálásával határoztuk meg az ültetvényekben előforduló vírusokat és viroidokat. A felmérésünk két, hazánkban eddig nem izolált vírus: Szőlő Syrah vírus 1 és Szőlő Pinot gris vírus gyakori elterjedését mutatta ki, mely vírusok jelenlétét RT-PCR reakcióval és hagyományos szekvenálással is visszaigazoltuk. 

Információk a szerzőről

  • Czotter Nikoletta, Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, H2100 Gödöllő, Szent-Györgyi A. u. 4.

    levelezőszerző
    czotter.niki@gmail.com

Hivatkozások

Al Rwahnih, M., Daubert, S., Golino, D., Rowhani, A. 2009. Deep sequencing analysis of RNAs from a grapevine showing Syrah decline symptoms reveals a multiple virus infection that includes a novel virus. Virology. 387. 395–401. https://doi.org/10.1016/j.virol.2009.02.028

Baulcombe, D., 2004. RNA silencing in plants. Nature. 431. 356–63. https://doi.org/10.1038/nature02874

Csorba, T., Pantaleo, V. and Burgyan, J. 2009. RNA silencing: an antiviral mechanism. Adv. Virus Res. 75. 35–71. https://doi.org/10.1016/S0065-3527(09)07502-2

Gambino, G., Perrone, I. and Gribaudo, I. 2008. A Rapid and effective method for RNA extraction from different tissues of grapevine and other woody plants. Phytochem Anal. 19. 520–525. https://doi.org/10.1002/pca.1078

Giampetruzzi, A., Roumi, V., Roberto, R., Malossini, U., Yoshikawa, N., La Notte, P., Terlizzi, F., Credi, R. and Saldarelli, P. 2012. A new grapevine virus discovered by deep sequencing of virus- and viroid-derived small RNAs in Cv Pinot gris. Virus research. 163. 262–268. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2011.10.010

Glasa, M., Predajna, L., Kominek, P., Nagyova, A., Candresse, T. and Olmos, A. 2014. Molecular characterization of divergent grapevine Pinot gris virus isolates and their detection in Slovak and Czech grapevines. Arch Virol. https://doi.org/10.1007/s00705-014-2031-5

Martelli, G. P. 2014. Directory of Virus and Virus-Like Diseases of the Grapevine and Their Agents. Journal of Plant Pathology. 96. 1–136. https://doi.org/10.1002/9780470015902.a0000766.pub3

Navarro, B., Pantaleo, V., Gisel, A., Moxon, S., Dalmay, T., Bisztray, G., Di Serio, F. and Burgyan, J. 2009. Deep sequencing of viroid-derived small RNAs from grapevine provides new insights on the role of RNA silencing in plant-viroid interaction. PloS one. 4. e7686. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0007686

Pantaleo, V., Saldarelli, P., Miozzi, L., Giampetruzzi, A., Gisel, A., Moxon, S., Dalmay, T., Bisztray, G. and Burgyan, J. 2010. Deep sequencing analysis of viral short RNAs from an infected Pinot Noir grapevine. Virology. 408. 49–56. https://doi.org/10.1016/j.virol.2010.09.001

Sabanadzovic, S., Abou Ghanem-Sabanadzovic, N. and Gorbalenya, A. E. 2009. Permutation of the active site of putative RNA-dependent RNA polymerase in a newly identified species of plant alpha-like virus. Virology. 394. 1–7. https://doi.org/10.1016/j.virol.2009.08.006

Letöltések

Megjelent

2016-03-31

Folyóirat szám

Évf. 20 szám 1 (2016)

Rovat

Cikkek

License

Copyright (c) 2016 Czotter Nikoletta, Molnár János, Deák Tamás, Tusnády E. Gábor, Kocsis László, Burgyán József, Várallyay Éva

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

The articel is under the Creative Commons 4.0 standard licenc: CC-BY-NC-ND-4.0.  Under the following terms: You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. You may not use the material for commercial purposes. If you remix, transform, or build upon the material, you may not distribute the modified material. You may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits.

Hogyan kell idézni

Czotter, N., Molnár, J., Deák, T., Tusnády, E. G., Kocsis, L., Burgyán, J., & Várallyay, Éva. (2016). Magyarországon megjelenő új szőlő vírusok azonosítása kis RNS-ek szekvenálásán alapuló metagenomikai módszerekkel. GEORGIKON FOR AGRICULTURE, 20(1), 34-38. https://journal.uni-mate.hu/index.php/gfa/article/view/7009

Ugyanannak a szerző(k)nek a legtöbbet olvasott cikkei