Az alma fapuhulás vírus 2 hazai jelenlétének kimutatása kis RNS-ek nagy-áteresztőképességű szekvenálásával
Kulcsszavak:
alma fapuhulás vírus 2 (ARWV2), kis RNS, HTS, RT-PCRAbsztrakt
Az alma (Malus domestica) a világ mérsékelt égövi régióinak egyik legszélesebb körben termesztett és gazdaságilag legfontosabb gyümölcse. A közelmúltban új, negatív szálú RNS-vírusokat azonosítottak gyümölcsfákban, köztük almatermésűekben. Az apple rubbery wood virus 2 (ARWV2) az egyik ilyen vírus, amely a Bunyavirales rendbe a Phenuiviridae családba tartozik. Az ARWV2, egyszálú, negatív olvasatú háromosztatú RNS genommal rendelkezik kis (S), közepes (M) és nagy (L) szegmensekkel. Az alma fapuhulás fertőző betegségét a gallyak és kisebb ágak merevségének hiánya, szokatlan rugalmassága jellemezi, ami a xilém elemek csökkent lignifikációja miatt következik be. Munkánk során Magyarországon először mutattuk ki kis RNS nagy áteresztőképességű szekvenálással (HTS) a ARWV2 jelenlétét tünetmentes almafában és reverz transzkripciós PCR (RT-PCR)-n alapuló virológiai felmérésben, különböző alma, körte- és birsfák vizsgálatakor.
Hivatkozások
Czotter, N., Molnár, J., Pesti, R., Demián, E., Baráth, D., Varga, T. and Várallyay, É. 2018. Use of siRNAs for Diagnosis of Viruses Associated to Woody Plants in Nurseries and Stock Collections. Methods Mol. Biol. 1746 115–130. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7683-6_9
Hou, W., Li, S. and Massart, S. 2020. Is there a “Biological Desert” with the discovery of new plant viruses? A retrospective analysis for new fruit tree viruses. Frontiers in Microbiology. 11 592816. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.592816
Jakovljevic, V., Otten, P., Berwarth, C. and Jelkmann, W. 2017. Analysis of the apple rubbery wood disease by next generation sequencing of total RNA. European Journal of Plant Pathology. 148 (3) 637–646. https://doi.org/10.1007/s10658-016-1119-z
Kuhn, J. H., Adkins, S., Alioto, D., Alkhovsky, S.V., Amarasinghe, G.K., Anthony, S. J., Avšič-Županc, T., Ayllón, M. A., Bahl, J., Balkema-Buschmann, A., Ballinger, M. J., Bartonička, T., Basler, C., Bavari, S., Beer, M., Bente, D. A., Bergeron, É., Bird, B. H., Blair, C., Blasdell, K. R., Bradfute, S. B., Breyta, R., Briese, T., Brown, P. A., Buchholz, U. J., Buchmeier, M. J., Bukreyev, A., Burt, F., Buzkan, N., Calisher, C. H., Cao, M., Casas, I., Chamberlain, J., Chandran, K., Charrel, R. N., Chen, B., Chiumenti, M., Choi, I.-R., Clegg, J. C. S., Crozier, I., da Graça, J. V., Dal Bó, E., Dávila, A. M. R., de la Torre, J. C., de Lamballerie, X., de Swart, R. L., Di Bello, P. L., Di Paola, N., Di Serio, F., Dietzgen, R. G., Digiaro, M., Dolja, V. V., Dolnik, O., Drebot, M. A., Drexler, J. F., Dürrwald, R., Dufkova, L., Dundon, W. G., Duprex, W. P., Dye, J. M., Easton, A. J., Ebihara, H., Elbeaino, T., Ergünay, K., Fernandes, J., Fooks, A. R., Formenty, P. B. H., Forth, L. F., Fouchier, R. A. M., Freitas-Astúa, J., Gago-Zachert, S., Gāo, G. F., García, M. L., García-Sastre, A., Garrison, A. R., Gbakima, A., Goldstein, T., Gonzalez, J.-P. J., Griffiths, A., Groschup, M. H., Günther, S., Guterres, A., Hall, R. A., Hammond, J., Hassan, M., Hepojoki, J., Hepojoki, S., Hetzel, U., Hewson, R., Hoffmann, B., Hongo, S., Höper, D., Horie, M., Hughes, H. R., Hyndman, T. H., Jambai, A., Jardim, R., Jiāng, D., Jin, Q. and Jonson, G. B. 2020. 2020 taxonomic update for phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales. Archives of Virology. 165 (12) 3023–3072. https://doi.org/10.1007/s00705-020-04731-2
Rott, M. E., Kesanakurti, P., Berwarth, C., Rast, H., Boyes, I., Phelan, J. and Jelkmann, W. 2018. Discovery of Negative-Sense RNA Viruses in Trees Infected with Apple Rubbery Wood Disease by Next-Generation Sequencing. Plant Disease. 102 (7) 1254–1263. https://doi.org/10.1094/PDIS-06-17-0851-RE
Várallyay, E., Přibylová, J., Galbacs, Z.N., Jahan, A., Varga, T., Špak, J., Lenz, O., Fránová, J., Sedlák, J. and Koloniuk, I. 2022. Detection of Apple Hammerhead Viroid, Apple Luteovirus 1 and Citrus Concave Gum-Associated Virus in Apple Propagation Materials and Orchards in the Czech Republic and Hungary. Viruses. 14 (11) 2347. https://doi.org/10.3390/v14112347
Wang, Y., Wang, Y., Wang, G., Li, Q., Zhang, Z., Li, L., Lv, Y., Yang, Z., Guo, J. and Hong, N. 2022. Molecular Characteristics and Incidence of Apple Rubbery Wood Virus 2 and Citrus Virus A Infecting Pear Trees in China. Viruses. 14 (3) 576. https://doi.org/10.3390/v14030576
Letöltések
Megjelent
Folyóirat szám
Rovat
License
Copyright (c) 2024 Almash Jahan, Várallyay Éva
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
The articel is under the Creative Commons 4.0 standard licenc: CC-BY-NC-ND-4.0. Under the following terms: You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. You may not use the material for commercial purposes. If you remix, transform, or build upon the material, you may not distribute the modified material. You may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits.
Georgikon for Agriculture