Egy nagyobb méretű metabolikus modell kifejlesztése Modell leírás és előzetes eredmények
Kulcsszavak:
metabolikus folyamatok, identifikálás, generikus szimulátor, genetikus algoritmusAbsztrakt
Távlati célunk az emberi, állati sejtben lejátszódó metabolikus folyamatok minél teljesebb körű identifikálása, és az így felépített modell konkrét feladatok megoldására való alkalmazása (például bizonyos gyógyszerek vagy toxinok hatásának megismerése, stb.). Munkánk során a generikus kétrétegű háló modellnek megfelelő új szoftver architektúra alapján készített dinamikus szimulátorból és a többszempontú genetikus algoritmusból álló programrendszerrel kezdtük meg egy metabolikus hálózat modell identifikálását. A rendelkezésre álló kisszámú mérést, valamint a hiányos és bizonytalan ismereteket az együttműködő szakértőkkel (Vanderbilt Egyetem, Integrált Biorendszer Kutató és Oktató Intézet, TN, USA) folyamatosan egyeztetve iterációs módon próbálunk hasznosítható modellt fejleszteni. Jelen munkában egy konkrét mérések alapján készülő szimulációs modell kialakításának első lépéseiről és jelenlegi eredményeiről számolunk be.
Hivatkozások
Csukás, B., Balogh, S. (1998). Combining Genetic Programming with Generic Simulation Models in Evolutionary Synthesis. Computers in Industry, 36(3), 181–197. https://doi.org/10.1016/S0166-3615(98)00071-2
Eklunk, S. E., Taylor, D., Kozlov, E., Prokop, A., Cliffel, D. E. (2004). A Micro-physiometer for Simultaneous Measurement of Changes in Extracellular Glucose, Lactate, Oxigen and Acidification Rate. In: Analytical Chemistry, 76(3), 519–527. https://doi.org/10.1021/ac034641z
Michal, G. (1999). Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology. Spektrum Akademischer Verlag GmbH, Heidelberg
Nicholson, D. E. (2003). Metabolic Pathways Chart, Sigma-Aldrich
Voet, D., Voet, J. G., Pratt, C. W. (2006). Fundamentals of Biochemistry, 2nd Edition. John Wiley and Sons, Inc., 547.
Wikswo, J. P., Prokop, A., Baudenbacher, F., Cliffel, D. E., Csukas, B., Velkovsky, M. (2006). The Engineering Challenges of BioNEMS: The Integration of Microfluidics, and Micro- and Nanodevices, Models, and External Control for System Biology, IEE Proc. Nanobiotechnology (in press).
Letöltések
Megjelent
Folyóirat szám
Rovat
License
Copyright (c) 2006 Varga Mónika
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
